HTに過度の期待は禁物

インテルのハイパースレッディング技術でサーバ性能の低下が発生か

そもそも、キャッシュは論理的に二つに分けたCPUで共有してます。
スレッド１が利用しているキャッシュ上のデータと
スレッド２が要求するデータが違う場合に、一度キャッシュはクリアされると考えられます。
そしてデータをメモリから読み込みしなおすことになり、
これがパフォーマンスの低下をもたらします。

で、ビデオエンコードなどのときはスレッド同士の食い合いがあまり生じません。
なのでそういう用途では有効といえますが、
ゲームやサーバーなどでは、細かい命令が頻繁に出されるため、
スレッド同士の食い合いが生じやすく、
その結果がパフォーマンスの低下につながると考えます。

スーパースケーラによる分岐予測も的中させやすいワンパターンな作業が続くエンコードでは、
その効果が発揮されやすく、
その的中率が低下するタイプの後者の処理では、
分岐予測→失敗→やりなおし＆キャッシュクリア
という形になるでしょうから、やはり足を引っ張る形になります。

特にPentium４はパイプラインの段数が多いため、
この分岐予測失敗でのお手つきもその分多くなると考えられます。

以上のことから、ハイパースレッディングに過度の期待をしてはいけないと思われます。